Eine Kirche hat es schon im 16. Jahrhundert auf dem Gelände der Burg Neuenhaus gegeben. Durch die Wirren der Reformationszeit und des 30-jährigen Krieges ist diese Kirche wie auch das gesamte Burggelände verfallen. Da von der Neuenhauser Bevölkerung aber immer wieder eine Kirche verlangt wurde, wurde im Jahre 1683 gesammelt und mit dem Bau 1684 begonnen. Nach dem Beginn ihrer Bauzeit ist die evangelisch-reformierte Kirche von Neuenhaus die älteste der nach der Reformation erbauten Kirchen, nicht aber nach der Zeit ihrer Vollendung gerechnet. Die Kirchen von Bentheim und Lage z. B. sind später angefangen, aber früher in Gebrauch genommen worden. Die Neuenhauser Kirche hat keinen Chor- oder Altarraum, sie ist eine einfache Predigtkirche. Die Bänke sind alle zur Kanzel hin ausgerichtet. Der Turm ist ein sogenannter Dachreiter. Er wurde schon bald nach dem Bau als zu leicht beanstandet, hat aber bis heute noch immer ausgehalten.

Die erste Orgel wurde vom Orgelbauer Heinrich Quellhorst aus Ootmarsum (Holland) bald nach 1800 erbaut. Sie wurde 1929 durch eine neue pneumatische Orgel ersetzt. Besonders bemerkenswert und sowohl historisch als auch künstlerisch wertvoll ist der alte Prospekt.
In den Jahren 1933/34 wurde das Kirchendach renoviert und der Turm mit Schiefer neu gedeckt. Nach mehreren Ausbesserungen erfolgte im Jahre 1962 eine Gesamtrenovierung mit Anstrich, Mauertrockenlegung, Umordnung der Bänke vor der Kanzel und dem Einbau einer automatischen Ölheizung. Der Kirchenraum innen hat eine Länge von 23,50 m, eine Breite von 12,35 m und eine Höhe (bis zum Gewölbe) von 9,50 m. Die letzte Renovierung der Kirche hat 1992 stattgefunden. Dabei wurde die Zahl der Sitzplätze von 480 auf etwa 400 reduziert. Neuenhaus war nie ein Kirchspielort wie z. B. Uelsen, Emlichheim, Veldhausen usw., das heißt, es gehören außer dem Stadtgebiet keine benachbarten politischen Gemeinden zum Kirchspiel.